Quelle est la différence entre une souche, un variant et une mutation?

La maladie à coronavirus est causée par une seule espèce : le virus SRAS-CoV-2. En revanche, il existe plusieurs types de coronavirus qui provoquent la même maladie. Ces types de virus sont qualifiés par les scientifiques et les journalistes de variants, de mutants et de souches.

Pour que les choses soient claires et que les trois termes ne prêtent plus à confusion, SNRTnews fait le point sur la terminologie utilisée, en interrogeant Professeur Abdellatif Chakib, spécialiste des maladies infectieuses au CHU Ibn Rochd de Casablanca.

Une souche

"En tant que clinicien, un virus en général c’est quoi ? C’est ce que nous appelons nous un acaryote. C’est un élément qui possède un matériel génétique, soit un ADN ou un ARN. On appelle une souche, un virus qui apparaît pour la première fois. Elle est l’origine", explique à SNRTnews Professeur Abdellatif Chakib également enseignant à la faculté de médecine et de pharmacie de la Métropole. 

En d’autres termes, la souche est un virus qui présente pour la première fois des propriétés physiques distinctes. Il s’agit d’un variant (voir l’explication du variant ci-après) qui est construit différemment, et qui se comporte différemment, de son virus parent.

Un mutant

Un mutant est le résultat d’un changement dans le matériel génétique, ADN ou ARN. Il a muté par rapport à un autre type considéré comme commun et produit quelque chose de nouveau. Le matériel génétique du coronavirus responsable de la Covid-19 (SRAS-CoV-2) est appelé acide ribonucléique (ARN).

Pour se répliquer, et donc établir l'infection, l'ARN du SRAS-CoV-2 doit s'emparer d'une cellule hôte pour se dupliquer. "Les virus par définition, doivent se multiplier. C’est très important pour eux. C’est une façon de vivre. L’ARN du virus possède le génome, la structure qui contient l’ensemble des informations utilisées pour créer les protéines, qui à leurs tours contribuent à la création de nouveaux virus", explique Professeur Abdelfattah Chakib. "Un virus est composé d’un matériel génétique, emballé dans une structure appelée capside, qui protège le génome, d’un cytoplasme, d’une enveloppe et d’une membrane. Chaque élément est fabriqué par une information de l’ARN. Quand le virus rentre dans une cellule, le génome la détourne à son profit et il fait des copies, semblables pratiquement à celle du virus", ajoute-t-il.

Des erreurs se produisent souvent au cours du processus de multiplication de l'ARN viral. Il en résulte des virus qui sont des copies similaires mais non exactes du virus d'origine. Ces erreurs dans l'ARN viral sont appelées mutations. "Malheureusement, le virus à ARN fait souvent des erreurs dans sa multiplication. Bien qu’il possède des enzymes qui permettent de rectifier les erreurs, ces dernières surviennent. Chaque fois qu’une erreur survienne, une mutation se produit. On parle alors de mutants", précise Professeur Chakib.

Un variant

Le terme variant est récemment devenu un terme largement utilisé pour décrire un type distinct du coronavirus. Quelle est la différence entre un mutant et un variant ? Il convient de préciser que toutes les mutations n'ont pas le même effet. Lorsqu'une mutation se produit en un seul point du code génétique, elle ne modifie pas nécessairement l'un des éléments constitutifs et ne changera donc pas la façon dont l'organisme est construit. Toutefois, une mutation peut se produire dans une partie de l'ARN du virus et entraîner une modification d'un élément constitutif particulier. Dans d’autres cas, il peut y avoir plusieurs mutations qui, ensemble, modifient l'élément constitutif. On parle alors de variant.

"Quand il s’agit d’une seule mutation d’un virus, ce n’est pas grave. Quand il s’agit de deux, trois, ou quatre mutations et que d’autres virus possédant les mêmes mutations sont par la suite recréées, on parle dans ce cas-là de variant. A titre d’exemple, si une mutation touche une des parties importantes du virus, il ne survivra pas. Si, au contraire, elle touche un autre élément, le virus sera très contagieux ou très dangereux. C’est le cas du variant britannique qui circule de plus en plus vite", souligne le professeur. Autrement dit, ces mutations peuvent impliquer, à titre d’exemple, qu'un variant se lie à un récepteur cellulaire différent, se lie plus fortement à un récepteur, se réplique plus rapidement, ou se transmet plus efficacement, etc.

"On peut également parler de variants minoritaires et de variants majoritaires. Les premiers peuvent co-vivre avec les autres virus et n’apportent pas de modifications importantes à l’épidémie. Les variants majoritaires, le cas du variant britannique, paralysent l’activité des autres anciens virus qui ne contaminent plus. Les variants majoritaires deviennent prédominants. Le variant britannique se multiplie beaucoup et donne une charge virale catastrophique. Aujourd’hui au Maroc, le variant britannique est à 27% des nouvelles infections", précise Pr Chakib.

En conclusion, toutes les souches sont des variantes, mais tous les variants ne sont pas des souches.