Ce qu’il faut retenir de l’enquête menée par "Le Monde" sur les origines du SARS-CoV-2

D’où vient le coronavirus ? Cette question demeure en suspens depuis un peu plus d’un an. Marché chinois, pangolin, chauve-souris, produits surgelés, laboratoire américain … Plusieurs scénarios se sont présentés, mais l’origine du virus demeure jusqu’à ce jour inconnue. À travers une enquête publiée le 22 décembre 2020, le journal français Le Monde a tenté de remonter aux origines du SARS-CoV-2. Voici les principaux points à retenir. 

Pangolin : Hôte intermédiaire du SARS-COV-2 ?

La chauve-souris est considérée comme étant le réservoir naturel du nouveau coronavirus ; espèce ayant participé à la reproduction du virus. Par ailleurs, la question qui fait débat est comment le SARS-COV-2 a pu transiter de la chauve-souris à l’être humain ? Quel est l'hôte intermédiaire, « l’animal censé avoir joué le rôle de tremplin biologique vers l’humain » ?  Depuis le début de cette pandémie, tous les yeux sont rivés sur le pangolin ; un mammifère à écailles situé en Asie du Sud-Est. Cette espèce est vue comme étant « le coupable idéal », mais selon Le Monde, « rien aujourd'hui n’incrimine le pangolin ou autre espèce ».

Le 7 février 2020, lors d’une conférence de presse, l’Université d’agronomie de Chine du Sud à Guangzhou a annoncé « avoir trouvé sur des pangolins des séquences génétiques de coronavirus semblables à 99% à celles du SARS-CoV-2 », indique Le Monde dans son enquête. 

Plus tard, trois équipes chinoises partagent sur « bioRxiv », un site de prépublication, un article scientifique intitulé « Les analyses de séquences génétiques prélevées sur des pangolins malades ». Suite à leurs analyses, les chercheurs annoncent que « des coronavirus partageant des similarités avec le SARS-CoV-2 y ont été détectés ».

Ces analyses ont suscité un large écho. Interrogé par Le Monde, le spécialiste d’écologie des virus, Roger Frutos a expliqué que « ces analyses ont été faites à partir de séquences génétiques déjà présentes dans les bases de données » et d’ajouter « ces analyses ont été faites sur des pangolins en provenance de Malaisie, ils ne sont jamais entrés en Chine ». 

Par ailleurs, plusieurs spécialistes estiment que le pangolin « n’est probablement pas l’hôte intermédiaire », indique Le Monde. D’après Meriadeg Le Gouil, spécialiste pathogènes de chiroptères et de leur circulation, « la situation la plus à même de favoriser le passage d’un virus de chauve-souris à l’homme, c’est lorsqu’on a une circulation prolongée et pérenne du pathogène chez un hôte intermédiaire », mais dans le cas du pangolin et de la chauve-souris, cette condition n’est pas remplie. « L’espèce de pangolin incriminée vit dans les forêts de l’Asie du Sud-Est et son aire de répartition géographique ne recouvre même pas celle de l’espèce de chauve-souris », explique le chercheur Roger Frutos.  

Marchés humides : Point de départ de la Covid-19 ?

Ils ont fait la une des journaux du monde entier, les marchés humides de Wuhan sont pointés du doigt. Ces marchés très fréquentés, qui ont la particularité d’exposer des animaux sauvages ou d’élevage sur des étals en plein air, sont considérés par de nombreux experts comme étant le point de départ de la pandémie. Mais est-ce vraiment le cas ? L’enquête menée par Le Monde a creusé cette question.

Le 29 janvier 2020, quelques jours seulement après l’apparition à Wuhan des tous premiers cas porteurs du SARS-Cov-2, « l’équipe de George Gao, scientifique mondial et patron du Centre de contrôle et de prévention des maladies (CDC), publie une première étude d’ampleur, rassemblant les 426 premiers cas humains de la nouvelle pneumonie atypique », indique Le Monde. Cette étude démontre que « sur ces quelque quatre cents patients, plus de la moitié avaient un lien avec le marché ». Par contre, « quatre des cinq premiers cas enregistrés, ne fréquentaient pas le fameux marché », souligne Le Monde.  

Plus tard, le CDC dévoile que « quinze échantillons environnementaux collectés dans l’aile ouest du marché ont été contrôlés positifs au SARS-CoV-2 par des tests RT-PCR et des analyses de séquences génétiques ».

Plusieurs semaines après, les autorités chinoises fournissent à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) des données plus précises par rapport à la nature des échantillons analysés par le CDC. Ces notes indiquent que les vendeurs présents fin décembre sur le marché de Wuhan « commerçaient notamment des écureuils, des renards, des ratons laveurs, des sangliers, des salamandres géantes, des hérissons et des cerfs sika ». Et également « des serpents, des grenouilles, des cailles, des rats de bambou, des lapins, des crocodiles et des blaireaux ». Ni les pangolins, ni les chauves-souris ne figurent sur cette liste.

Par ailleurs, George Gao a déclaré lors de « ses rares prises de parole publiques » que le marché humide de Wuhan pourrait être « un amplificateur de la nouvelle maladie plutôt que son point de départ », rapporte Le Monde.

La maladie des mineurs de Mojiang 

« La maladie des mineurs de Mojiang », ce sujet a fait également couler beaucoup d’encre depuis le début de la pandémie du coronavirus. Pourquoi ? Cette maladie présente de grandes similitudes avec la Covid-19. Flash-back. Le 25 avril 2012, quand un homme de 42 ans a été admis à l’hôpital de Kunming, dans la province de Yunnan, située à près de 1500 Km au sud-ouest de Wuhan, berceau du coronavirus. Cet homme « est sujet à une toux persistante depuis deux semaines, souffre d’une forte fièvre et surtout d’une détresse respiratoire qui s’aggrave ». Dans les jours qui suivent, cinq autres personnes frappées de symptômes semblables sont admises dans le même hôpital. « Leurs scanners thoraciques indiquent une atteinte bilatérale des poumons, avec des opacités en verre dépoli, qui sont aujourd'hui reconnues comme relativement caractéristiques du Covid-19 », précise Le Monde. Ces six patients ont « tous en commun d’avoir travaillé dans une mine désaffectée à Tongguan, dans le canton de Mojiang. Une mine peuplée de plusieurs colonies de rhinolophes – dites « chauves-souris fer à cheval » – où les six hommes ont passé jusqu'à deux semaines à cureter les galeries du guano des mammifères volants », ajoute Le Monde.

Printemps 2020, un compte Twitter anonyme « déniche un mémoire de master, mis en ligne sur la plate-forme officielle chinoise de publication des mémoires universitaires ». Rédigé par un certain Li Xu, ce mémoire présente beaucoup de détails sur la maladie des mineurs de Mojiang. Il indique par exemple qu’en mars 2014, « la revue Science avait relaté l’histoire, mentionnant la découverte, sur des rats vivant dans la même mine, d’un nouveau paramyxovirus (MojV), un virus d’une famille différente des coronavirus. Mais aucune description précise des six cas cliniques n’avait jusqu’alors été publiée dans la littérature scientifique internationale ».

La ressemblance frappante entre les symptômes des mineurs de Mojiang et ceux de la Covid-19 a suscité la curiosité des scientifiques. Les deux microbiologistes indiens, Monali Rahalkar et Rahul Bahulikar assurent que « la maladie des mineurs de Mojiang pourrait donner des indices importants sur les origines du SARS-CoV-2 », rapporte Le Monde.

Le 23 janvier 2020, les chercheurs du Wuhan Institute of Virology (WIV) annoncent dans un article avoir découvert un nouveau coronavirus. Baptisé « RaTG13 », ce virus est « identique à 96,2 % au virus responsable de la Covid-19 ». Ils précisent que RaTG13 « a été détecté dans la province du Yunnan, sur une chauve-souris fer à cheval de l’espèce Rhinolophus affinis ».

Six semaines plus tard, Rossana Segreto, biologiste autrichienne « découvre que RaTG13 a son jumeau », indique Le Monde. Elle explique « qu’un petit morceau de génome, présent de longue date dans la base de données, correspond exactement à une partie de RaTG13 ». La biologiste précise que ce jumeau « avait été publié en 2016, sous un autre nom « RaBtCoV/4991 », par les chercheurs du WIV dans la revue Virologica Sinica ». Elle ajoute que la publication du WIV indique que « RaBtCoV/4991 », provient « d’une campagne d’échantillonnage menée en 2013 dans une mine désaffectée du canton de Mojiang ». Même endroit où les six mineurs ont attrapé le virus en 2012.

Le 17 novembre 2020, les chercheurs du WIV publient des précisions par rapport à la maladie des mineurs de Mojiang. Ils annoncent avoir reçu « 13 échantillons sanguins de quatre d’entre eux, entre juillet et octobre 2012. Nulle trace de SARS n’y a selon eux été détectée », rapporte Le Monde.