Covid-19: le virus fera-t-il aussi sa rentrée?

On avait presque oublié le virus. Depuis la mi-juillet, toute l'Europe de l’ouest connaît pourtant une recrudescence des cas. En France, les fêtes de Bayonne, qui ont connu une forte affluence fin juillet, ont notamment occasionné une hausse des contaminations.

Dans son dernier point actualisé vendredi, l'agence Santé Publique France a relevé fin août une poursuite de la hausse des indicateurs dans la plupart des régions, certes à des niveaux "faibles".

Ces indicateurs restent "un peu floutés en raison du faible nombre de tests et de séquençage réalisé un peu partout", souligne à l'AFP Antoine Flahault, directeur de l'Institut de santé globale à Genève."On estime qu’on réalise aujourd’hui moins de 1% de l'activité de séquençage d’il y a deux ans dans le monde", ajoute-t-il.

En France, le système de surveillance du virus a été considérablement allégé et est actuellement proche de celui de la grippe.

Dans ce contexte, difficile de suivre finement la circulation du virus, même si le ministre de la Santé Aurélien Rousseau a assuré vendredi sur France info que notre "système de surveillance est toujours en place et vigilant pour nous protéger contre quelque ressaut de l'épidémie que ce soit".

Pirola 

Une certitude: la rentrée des classes lundi s'annonce comme un moment propice à la diffusion du virus dans les écoles, les bureaux, les transports publics. "La rentrée fait chaque année le lit des épidémies automno-hivernales du VRS (le virus de la bronchiolite), de la grippe et désormais du Covid", rappelle à l'AFP Mircea Sofonea, épidémiologiste à l'université de Montpellier.

Les sous-variants d’Omicron de la lignée XBB, notamment le variant EG.5.1 (surnommé Eris), sont devenus dominants en France actuellement. Ce dernier variant est plus transmissible que ses prédécesseurs les plus récents mais rien ne dit à l'heure actuelle qu'il est plus virulent.

Un nouveau sous-variant d'Omicron, le BA.2.86, a par ailleurs fait son apparition mi-août avec quelques cas recensés dans plusieurs pays dont la France, avec une séquence détectée jeudi.

L'OMS a décidé de classer ce nouveau variant, surnommé Pirola, dans la catégorie des variants sous surveillance en raison du très grand nombre (supérieur à 30) de mutations du gène Spike qu'il porte.

"Pour le moment il n’y a aucun signal particulier d'inquiétude chez les cas rapportés, mais ils sont encore en trop petit nombre pour en apprécier les caractéristiques", souligne Antoine Flahault.

"Faire attention" 

Par précaution, l'Angleterre a annoncé fin août qu'elle avançait sa campagne de vaccination contre le Covid au 11 septembre. "Plus tôt nous commencerons la vaccination, mieux ce sera, car cela donnera plus de temps pour administrer le vaccin", a déclaré Keith Neal, professeur d'épidémiologie à l'université de Nottingham au Science media center.

En France, la nouvelle campagne de vaccination contre le Covid, couplée comme l'an dernier à celle de la grippe, doit démarrer le 17 octobre. Cette vaccination sera "essentielle pour protéger les personnes à risque de formes graves", a insisté vendredi Santé Publique France.

Mais les vaccins seront-ils efficaces?

"Contre les variants de la lignée XBB, incluant le sous-variant EG.5.1 (Eris), la formulation du rappel vaccinal attendue pour l’automne devrait l'être, puisqu’elle vise ces variants précisément", assure Antoine Flahault.

"En revanche, si au cours de l’automne et de l’hiver, le variant BA.2.86 venait à se qualifier et devenait dominant à son tour, on ne sait pas encore quel serait son degré d'échappement immunitaire à ces rappels vaccinaux", ajoute-t-il.

Reste que le statut immunitaire de la population mondiale est très différent de ce qu’il était à l’émergence d’Omicron avec une part importante de personnes vaccinées ou ayant été infectées par des variants successifs différents, permettant de conserver une certaine protection, note l'agence sanitaire française.

"Il n'est pas question d'aborder la rentrée avec la boule au ventre face au Covid", rassure aussi Mircea Sofonea. Mais "faire attention, respecter les gestes barrières et s'isoler si on est symptomatique" demeurent des impératifs de rigueur.